#NEXUS [TreeBase submission SN1907, 21 May 2004.] [!Kiontke et al. 2004. Caenorhabditis five-gene dataset.] [Karin Kiontke, Nicholas P. Gavin, Yevgeniy Raynes, Casey Roehrig, Fabio Piano, and David H. A. Fitch. 2004. Caenorhabditis phylogeny predicts convergence of hermaphroditism and extensive intron loss. Proc. Natl. Acad. Sci. USA in press.] [Notes: 1. Some columns are filled with missing data, since the alignment originates from another alignment with more taxa. 2. Gaps are encoded with a single hyphen and 0 or more question marks. This method of coding allows gaps (indels) to be counted once, regardless of size. Hyphens are placed in the same column where gaps are considered homologous (i.e., extend over identical columns). 3. Genuinely missing data is encoded only with question marks (no hyphens). 4. Five genes are concatenated in this matrix; see Character Sets for coordinates. The genes include: RNA polymerase II largest subunit (partial sequence), nearly complete sequences of nuclear 18S and 28S ribosomal RNA genes, orthologs of the C. elegans par-6 and pkc-3 genes (partial sequences). 5. See Kiontke et al. 2004 for strain designations of all taxa and GenBank accession numbers. ] BEGIN DATA; DIMENSIONS NTAX=14 NCHAR=7989; FORMAT DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=- INTERLEAVE ; MATRIX [RNAP, 1860 characters] Caenorhabditis_briggsae ATTCCATTCGGTTTCCGTCACCGCACGCTTCCGCACTTCATCAAAGACGACTACGGACCAGAATCGAAAGGATTCGTCGAGAATTCCTATCTCGCCGGCCTAACGCCTTCTGAATTCTTCTTCCACGCGATGGGAGGACGTGAAGGTTTGATTGATACGGCTGTGAAGACTGCCGAGACTGGATACATCCAGCGTCGTCTCATCAAAGCCATGGAGAGTGTCATGGTCAATTACGATGGTACAGTAAGAAACTCGTTGGCTCAAATGGTCCAGCTGAGATATGGAGAGGATGGTTTGGATGGAATGTGGGTCGAGAATCAGAATATGCCGACGATGAAGCCGAATAATGCCGTGTTTGAGAGGGATTTTAGAATGGACCTAACCGACAACAAGTTCCTGCGCAAAAACTACTCTGAAGACGTCGTTCGCGAGATCCAAGAGGCCCAG-??GACGGCATCTCGCTCGTCGAGTCCGAATGGTCGCAACTCGAAGAGGATCGACGTCTCCTGCGAAAGATCTTCCCTCGCGGTGAC-??GCCAAAATCGTGCTCCCCTGTAACCTGCAACGTCTCATCTGGAACGCTCAGAAGATCTTCAAAGTGGACCTTCGGAAGCCAGTGAACCTCTCGCCCCTCCACGTCATCAACGGCGTTCGGGAGCTGTCGAAGAAGCTGATCATCGTGAGTGGCAACGATGAGATCTCGAAGCAGGCGCAGTACAACGCCACATTGCTCATGAATATCCTCCTACGATCCACGCTCTGCACGAAGAAGATGTGCACCAGTGCGAAGCTCAACACGGAGGCGTTCGATTGGCTGTTAGGAGAAATCGAGACTCGCTTCCAACAGGCTATTGCCCAGCCCGGAGAGATGGTCGGAGCACTGGCAGCGCAGTCTCTGGGAGAACCGGCCACTCAGATGACGTTGAACACCTTCCATTATGCTGGAGTGTCTGCCAAGAACGTTACGTTGGGAGTCCCAAGATTAAA! 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